但是法国内乱不断，宗教传统势力十分强大，笛卡儿的学说对封建王权和宗教统治是一种严重的威胁。

1647 年深秋的一个夜晚，在巴黎近郊，两辆马车疾驰而过。马车在教堂高大的铁栅栏大门前停了下来。一批佩带利剑的士兵押着一个面容憔悴、瘦小枯槁的老头儿走进了教堂。他就是笛卡儿。

教堂里白色的蜡烛无声地燃烧着，苍白的烛光照射在圣母玛丽亚的塑像上。在塑像前面长长的审判席上坐着一群凶神恶煞的神父。笛卡儿被押到被告席上，接受天主教会法庭对他的宣判。一个长着稀稀落落的长胡子的神父，戴着一只单眼镜，用沙哑的声音宣读了教会的判决：“笛卡儿散布异端邪说，违背教规，亵渎上帝。为纯洁教义，荡涤谬误，本庭特宣判笛卡儿所著之书全为禁书，并由本人当庭焚毁。”听到这里，笛卡儿一下愣住了。瘦削的脸上现出了沉痛而愤怒的表情。他想申辩，然而神父们根本不让他有申辩的机会，士兵们立即把他从被告席上拉了下来。

笛卡儿被推到教堂中央的火盆旁，火盆里正熊熊地燃烧着大火，就像毒蛇张开了血盆大口，好像要把他那瘦小的身躯全部吞噬下去似的。笛卡儿在火盆旁呆住了。突然，伽利略被罗马教皇迫害致死的事蓦地在他的脑海中出现。他顿时感到一阵毛骨悚然。他终于屈服了，用颤抖的手拿起一本本凝结了他毕生心血的著作，心如刀绞般地投进了火盆……

笛卡儿由于在其著作中宣扬了科学，触犯了神权，因而遭到了教会的野蛮迫害。
1650 年2 月11 日，笛卡儿这位当代伟大的学者，解析几何的奠基人终因积劳成疾在瑞典与世长辞了。

在笛卡儿死后，反动的教会对此保持沉默，只有一家比利时的报纸刊载了这件事，并讽刺地说：“在瑞典死了一个疯子。”由于教会的阻止，在巴黎只有为数不多的人参加了他的葬礼并按照教会的禁令没有为他致悼词。在他死后13 年，教会还把他的书列为禁书，并规定在大学里不准讲述他的著作。

可是，这位对科学作出过巨大贡献的人却受到了广大科学家和革命者的尊敬和怀念。法国大革命后，他的遗物被送进法国历史博物馆。

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