食物的加工、烹调方式对核黄素也有较大影响。维生素B2的最大敌人是光，特别是紫外线，如果用玻璃瓶装牛奶，一天的时间，牛奶中的维生素B2会破坏到几乎是零。另一个敌人是硷性物质，有人为保持蔬菜好看的绿色，烹饪蔬菜时加碱。这样的方法可彻底损失全部的维生素B2。

　　另外需避免的是水，因为维生素B2可以随水流失。如捞蒸饭中核黄素仅保留50%，而烙饼可保留86%。 煮鸡蛋核黄素可保留97%—99%。